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利用基因芯片探讨五氯酚发育毒性的作用机制
摘要点击 2252  全文点击 1371  投稿时间:2008-12-01  修订日期:2009-04-08
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中文关键词  五氯酚  斑马鱼  基因芯片  发育毒性  生物信息学
英文关键词  pentachlorophenol  zebrafish  cDNA microarry  developmental toxicity  bioinformatics
作者单位
吴兆毅 南京大学环境学院污染控制与资源化研究国家重点实验室南京210093 
胡平 南京大学模式动物研究所南京210089 
赵庆顺 南京大学模式动物研究所南京210089 
尹大强 南京大学环境学院污染控制与资源化研究国家重点实验室南京210093 
中文摘要
      0hpf斑马鱼胚胎经50 μg/L五氯酚(PCP)暴露染毒8 h,提取其总RNA,与Affymetrix公司的斑马鱼基因组芯片杂交.发现与对照组相比,染毒样本中1 149个基因的表达显著增强(Signal log ratio>1),501个基因的表达显著减弱(Signal log ratio<-1).利用Chipinfo、Genmapp等生物信息学软件对差异表达基因进行了基因本体论功能分类和发育调控通路分析,结果显示,显著差异表达的基因涉及抗氧化、信号传导、翻译调节、转录调节等多个分子功能.五氯酚暴露后斑马鱼胚胎发育重要的调控通路BMP信号、ERK通路、FGF信号、Nodal信号的调控基因smad2、smad5、bmp4、bmp7、flh、n-ras的表达发生了显著变化,Signal log ratio分别为4.6、 2.1、 1.6、 1.0、 1.3、 1.0.这些结果为进一步阐明五氯酚的发育毒性作用机制提供了标志物.
英文摘要
      0hpf zebrafish embryos were exposed to 50 μg/L pentachlorophenol(PCP) for 8h in vitro.Total RNA sample was extracted then and hybridized with Affymetrix Zebrafish Genome Array representing approximately 14 900 transcripts.A total of 1 149 transcripts was significantly up-regulated while 501 transcripts were down-regulated. Bioinformatic tools were used for further analysis.The result indicated that genes with significant expression changes were related to molecular functions including antioxidant activity,signal transducer activity,translation regulator activity,transcription regulator activity,et al.Genes regulated by BMP signals,FGF signals, and Nodal signals including smad2,smad5,bmp4,bmp7,flh,n-ras may involve in the developmental toxicity of PCP,with Signal log ratios of 4.6, 2.1, 1.6, 1.0, 1, 1.3, 1.0, respectively. This investigation may provide new biomarkers to further study of the developmental toxicity of PCP.

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