| 海洋沉积物中硫酸盐还原菌和硫氧化菌群落分析方法的比较 |
| 摘要点击 3036 全文点击 899 投稿时间：2017-05-07 修订日期：2017-07-20 |
| 查看HTML全文
查看全文 查看/发表评论 下载PDF阅读器 |
| 中文关键词 硫酸盐还原菌 硫氧化菌 高通量测序 克隆文库 沉积物 |
| 英文关键词 sulfate-reducing prokaryotes (SRP) sulfur-oxidizing prokaryotes (SOP) high-throughput sequencing clone library sediments |
| 作者 | 单位 | E-mail | | 张玉 | 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 | zhangyu201413@163.com | | 米铁柱 | 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 | | | 甄毓 | 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 | zhenyu@ouc.edu.cn | | 陈烨 | 海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071
中国海洋大学海洋生命学院, 青岛 266003 | | | 付璐璐 | 海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071
中国海洋大学海洋生命学院, 青岛 266003 | | | 王勋功 | 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 | |
|
| 中文摘要 |
| 硫酸盐还原菌（sulfate-reducing prokaryotes，SRP）和硫氧化菌（sulfur-oxidizing prokaryotes，SOP）在硫的生物地球化学循环中发挥着极为重要的作用.本文以SRP作为高丰富度高多样性菌群代表，针对于SRP所共有的异化型亚硫酸盐还原酶（dissimilatory sulphite reductase，DSR）中的β亚基基因（dsrB），通过克隆文库技术、454高通量测序技术和Illumina高通量测序技术对其群落特征进行比较分析.结果表明，Illumina高通量测序技术优于454高通量测序技术和克隆文库技术，特别在低丰度物种的检测方面，Illumina高通量测序技术具有明显优势.以SOP soxB基因（~750 bp）作为较长基因片段的代表，分别采用454高通量测序技术和Illumina单端高通量测序技术对SOP群落组成和多样性信息进行比较分析，结果表明，454高通量测序技术在读长上的优势并未体现出来，而Illumina单端高通量测序技术优于454高通量测序技术. |
| 英文摘要 |
| Sulfate-reducing prokaryotes (SRP) and sulfur-oxidizing prokaryotes (SOP) play vital roles in the sulfur cycle. The SRP community was used to represent a microbial community with high richness and diversity. The 454 pyrosequencing, Illumina high-throughput sequencing, and traditional clone library methods that target the dissimilatory sulfite reductase β subunit gene (dsrB), which encodes a key enzyme in the sulfate reduction pathway, were used to compare the differences in SRP community characteristics. Comparative analyses suggested that Illumina high-throughput sequencing was a more appropriate method for SRP (high richness and diversity) community studies. The SOP soxB gene (~750 bp) was used as a representative of the long-sequence segment. The 454 pyrosequencing and Illumina high-throughput sequencing methods were used to compare the differences in SOP community characteristics. The results revealed that 454 pyrosequencing did not reflect its advantage of a longer read length; whereas, the Illumina high-throughput sequencing with more numerous and shorter sequence reads was more suitable when the soxB gene was used to investigate the community composition and diversity of SOP. |
|
|
|
