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海洋沉积物中硫酸盐还原菌和硫氧化菌群落分析方法的比较
摘要点击 528  全文点击 136  投稿时间:2017-05-07  修订日期:2017-07-20
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中文关键词  硫酸盐还原菌  硫氧化菌  高通量测序  克隆文库  沉积物
英文关键词  sulfate-reducing prokaryotes (SRP)  sulfur-oxidizing prokaryotes (SOP)  high-throughput sequencing  clone library  sediments
作者单位E-mail
张玉 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 
zhangyu201413@163.com 
米铁柱 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 
 
甄毓 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 
zhenyu@ouc.edu.cn 
陈烨 海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071
中国海洋大学海洋生命学院, 青岛 266003 
 
付璐璐 海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071
中国海洋大学海洋生命学院, 青岛 266003 
 
王勋功 中国海洋大学环境科学与工程学院, 青岛 266100
海洋环境与生态教育部重点实验室, 青岛 266100
青岛海洋科学与技术国家实验室海洋生态与环境科学功能实验室, 青岛 266071 
 
中文摘要
      硫酸盐还原菌(sulfate-reducing prokaryotes,SRP)和硫氧化菌(sulfur-oxidizing prokaryotes,SOP)在硫的生物地球化学循环中发挥着极为重要的作用.本文以SRP作为高丰富度高多样性菌群代表,针对于SRP所共有的异化型亚硫酸盐还原酶(dissimilatory sulphite reductase,DSR)中的β亚基基因(dsrB),通过克隆文库技术、454高通量测序技术和Illumina高通量测序技术对其群落特征进行比较分析.结果表明,Illumina高通量测序技术优于454高通量测序技术和克隆文库技术,特别在低丰度物种的检测方面,Illumina高通量测序技术具有明显优势.以SOP soxB基因(~750 bp)作为较长基因片段的代表,分别采用454高通量测序技术和Illumina单端高通量测序技术对SOP群落组成和多样性信息进行比较分析,结果表明,454高通量测序技术在读长上的优势并未体现出来,而Illumina单端高通量测序技术优于454高通量测序技术.
英文摘要
      Sulfate-reducing prokaryotes (SRP) and sulfur-oxidizing prokaryotes (SOP) play vital roles in the sulfur cycle. The SRP community was used to represent a microbial community with high richness and diversity. The 454 pyrosequencing, Illumina high-throughput sequencing, and traditional clone library methods that target the dissimilatory sulfite reductase β subunit gene (dsrB), which encodes a key enzyme in the sulfate reduction pathway, were used to compare the differences in SRP community characteristics. Comparative analyses suggested that Illumina high-throughput sequencing was a more appropriate method for SRP (high richness and diversity) community studies. The SOP soxB gene (~750 bp) was used as a representative of the long-sequence segment. The 454 pyrosequencing and Illumina high-throughput sequencing methods were used to compare the differences in SOP community characteristics. The results revealed that 454 pyrosequencing did not reflect its advantage of a longer read length; whereas, the Illumina high-throughput sequencing with more numerous and shorter sequence reads was more suitable when the soxB gene was used to investigate the community composition and diversity of SOP.

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